醫藥中間體產品種類較多，按應用領域可分為抗生素類藥物中間體、解熱鎮痛藥用中間體、心血管系統藥用中間體、抗癌用醫藥中間體等大的類別。具體的醫藥中間體產品種類非常多，如咪唑、呋喃、酚類中間體、芳烴中間體、吡咯、吡啶、生化試劑、含硫類、含氮類、鹵素化合物、雜環化合物、淀粉、甘露醇、微晶纖維素、乳糖、糊精、乙二醇類、糖粉、無機鹽類、乙醇類中間體、硬脂酸鹽、氨基酸、乙醇胺類、鉀鹽類、鈉鹽類以及其他中間體等等。

另外，在近年來由于藥品監管要求越來越嚴格、藥品研發難度不斷提高、物價上漲等背景下，跨國制藥企業為縮短專利藥上市時間，降低研發、生產成本，在藥品整個生命周期中保持良好盈利空間，提高自身經營效益，逐步由“垂直一體化”業務模式向“開發合作”業務模式轉變，將專利藥的研究、開發、生產等業務環節進行專業分解，并外包給醫藥合同研究企業、醫藥定制研發生產企業等專業機構，即醫藥定制研發生產(CMO)